Byla S-39

Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės (toliau – Komisija), susidedanti iš Komisijos pirmininko Evaldo Raistenskio, narių Jurgitos Narkevičiūtės, Andriaus Veniaus (pranešėjas), Vilmos Vildžiūnaitės, išnagrinėjo bankrutavusios uždarosios akcinės bendrovės „B1“ (toliau – Pareiškėja) 2024-01-03 skundą dėl Valstybinės mokesčių inspekcijos prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos (toliau – Atsakovas, Inspekcija, centrinis mokesčių administratorius) 2023-12-28 sprendimo grąžinti (įskaityti) permoką (skirtumą) ar nepagrįstai išieškotas sumas Nr. 331-1420944 (toliau – Inspekcijos sprendimas, skundžiamas sprendimas). Pareiškėjos atstovė D. A. ir Atsakovo atstovas F. A. 2024-02-06 dalyvavo Komisijos posėdyje nuotoliniu būdu.

Aprašomoji dalis

Komisija n u s t a t ė:

Inspekcija, vadovaudamasi Lietuvos Respublikos mokesčių administravimo įstatymo (toliau – MAĮ) 87 ir 111 straipsniais, mokesčių įstatymais, Mokesčių mokėtojo permokos (skirtumo) ar nepagrįstai išieškotų sumų grąžinimo (įskaitymo) taisyklėmis, patvirtintomis Inspekcijos viršininko 2004-12-07 įsakymu Nr. VA-186 (toliau – Taisyklės), ir išnagrinėjusi Pareiškėjos 2023-12-11 prašymą grąžinti (įskaityti) mokesčio ir (arba) baudos už administracinį nusižengimą permoką (skirtumą) ar nepagrįstai išieškotas sumas Nr. (17.16-40) GES-925295, ginčijamo sprendimo dalimi nusprendė negrąžinti (neįskaityti) 753,94 Eur sumos, nes suėjęs MAĮ 87 straipsnio 13 dalyje nustatytas mokesčio permokos (skirtumo) grąžinimo (įskaitymo) senaties terminas.

Sprendime negrąžinti (neįskaityti) dalies ar visos prašomos sumos nurodyti ir papildomi tokio sprendimo priėmimo motyvai: nuo 2020-01-01 taikomas bendrasis permokos grąžinimo senaties terminas – einamieji ir prieš juos einantys treji kalendoriniai metai. Pareiškėja prašo Komisijos panaikinti skundžiamą sprendimą ir grąžinti Pareiškėjai 753,94 Eur permoką.

Skunde nurodyta, kad 2022-02-11 Pareiškėjai iškelta bankroto byla, nemokumo administratoriumi paskirtas R. O. (nutartis įsiteisėjo 2022-03-22). 2022-05-23 nutartimi patvirtintas Valstybinio socialinio draudimo fondo valdybos Klaipėdos skyriaus 2038,23 Eur dydžio pirmos eilės kreditorinis reikalavimas. 2022-07-26 nutartimi Pareiškėja pripažinta bankrutavusia ir likviduojama dėl bankroto.

2023-01-04 nutartimi nemokumo administratorius R. O. (mirė) atstatydintas iš Pareiškėjos nemokumo administratoriaus pareigų ir nemokumo administratore paskirta MB "A1" 2023-07-07 teisėjos rezoliucija pratęstas likvidavimo procedūrų terminas iki 2023-12-31. 2023-11-08 nutartimi MB "A1" atstatydinta iš Pareiškėjos nemokumo administratoriaus pareigų ir vietoj jos paskirta nemokumo administratorė D. A.. 2023-11-29 nutartimi patvirtinta galutinė Pareiškėjos bankroto ataskaita. Taigi dabartinė nemokumo administratorė D. A. teisę atstovauti Pareiškėją ir veikti jos vardu įgijo tik 2023-11-08.

Skunde nurodoma, kad mirus R. O., naujasis nemokumo administratorius MB "A1"

neperėmė jokių Pareiškėjos dokumentų, taigi ir informacijos apie grąžintiną mokestinę permoką. Teismui atstatydinus iš Pareiškėjos nemokumo administratoriaus pareigų MB "A1" ir paskyrus dabartinę administratorę D. A., pastarajai taip pat nebuvo perduoti jokie Pareiškėjos dokumentai. Nutartis dėl administratorės D. A. paskyrimo VĮ Registrų centro Juridinių asmenų registre buvo įregistruota 2023-11-10, taigi nuo šios dienos D. A. įgijo teisę jungtis prie Pareiškėjos paskyros VMI savitarnos svetainėje ir susipažinti su joje esančia informacija.

D. A., prisijungusi prie Pareiškėjos VMI savitarnos elektroninių paslaugų portalo, sužinojo

apie Pareiškėjos teisę susigrąžinti mokestinę permoką. Iš VMI savitarnos portale pateiktos informacijos matyti, kad nemokumo administratoriai R. O. ir MB "A1" nebuvo prisijungę prie Pareiškėjos VMI savitarnos portalo ir neperskaitė elektroniniu būdu siųstų pranešimų, įskaitant 2022-11-15 ir 2023-10-27 pranešimus apie artėjantį permokų senaties terminą Nr. RMA-15542 ir Nr. RMA-13932.

Taigi, paskirtoji nemokumo administratorė teisę ir galimybę susipažinti su mokesčių administratoriaus Pareiškėjai išsiųstais pranešimais, įskaitant pranešimus apie artėjantį permokų grąžinimo senaties terminą, įgijo tik nuo 2023-11-10 dienos.

Skunde nurodoma, kad ginčo 753,94 Eur permoką sudaro trys sumos, kurios susidarė: - 2019-11-01, grąžintina permoka 290,94 Eur;

- 2019-12-01, grąžintina permoka 226,00 Eur;

- 2020-01-01, grąžintina permoka 237,00 Eur.

Dėl 2020-01-01 susidariusios permokos (237,00 Eur) skunde nurodyta, kad 2020-01-01 įsigaliojus MAĮ 68 straipsnio pakeitimams, mokesčių apskaičiavimo ir perskaičiavimo senaties terminas buvo sutrumpintas iki einamųjų ir trejų praėjusių kalendorinių metų, skaičiuojamų atgal nuo tų metų, kuriais pradedama mokestį apskaičiuoti arba perskaičiuoti, sausio 1 dienos, tačiau skaičiuojant nuo Pareiškėjos nemokumo administratorės prašymo pateikimo dienos (2023-12-11), permokos grąžinimo terminas nėra praleistas, nes kaip nustatyta MAĮ 87 straipsnio 13 dalyje, permoka susidariusi per šio įstatymo 68 straipsnyje nurodytą mokesčių apskaičiavimo ar perskaičiavimo terminą, - skaičiuojama atgal nuo įskaitymo dienos, kai įskaitymas atliekamas mokesčių administratoriaus iniciatyva be atskiro mokesčių mokėtojo prašymo, o kai yra mokesčių mokėtojo prašymas, - skaičiuojama atgal nuo šio prašymo pateikimo dienos. Tokiu būdu, nemokumo administratorei 2023-12-11 pateikus prašymą grąžinti permoką, anksčiau nurodytas terminas nėra pasibaigęs (skaičiuojant atgal nuo prašymo grąžinti permoką pateikimo dienos, einamieji metai baigiasi 2023-01-01, nuo šios datos atskaičius trejus metus, nustatytina grąžintinos permokos atsiradimo data 2020-01-01, t. y. permokos grąžinimo terminas įtvirtintas MAĮ 68 straipsnio 1 dalyje, 87 straipsnio 13 dalyje, 2023-12-11 dieną teikiant prašymą grąžinti permoką nebuvo pasibaigęs.

Apibendrinant išvardintas teisės normas matyti, kad jose apibrėžtas naikinamasis trejų metų (iki 2019-12-31 galiojęs penkerių metų) permokos grąžinimo senaties terminas prašymo grąžinti permoką pateikimo dieną (2023-12-11) nebuvo pasibaigęs. Pareiškėjos vardu veikiantis nemokumo administratorius, pateikdamas prašymą grąžinti permoką, siekė ją susigrąžinti ir tai padarė iki naikinamojo termino pabaigos.

Motyvuojamoji dalis

Atsižvelgiant į nurodytų aplinkybių visumą ir tai, kad 2023-12-11 nemokumo administratorius pateikė prašymą grąžinti mokestinę permoką nepraleisdamas įstatymo leidėjo MAĮ 87 straipsnio 13 dalyje, 68 straipsnio 1 dalyje nustatyto naikinamojo termino (remiantis permokų atsiradimo metu galiojusiomis MAĮ redakcijomis), Pareiškėja nėra praradusi teisės reikalauti grąžinti mokestinę permoką, o mokesčių administratorius turi prievolę mokesčių mokėtojui permoką grąžinti.

Komisija k o n s t a t u o j a:

Pareiškėjos skundas iš dalies tenkintinas, skundžiama Inspekcijos sprendimo dalis, kuria nuspręsta negrąžinti 237 Eur permoką (skirtumą) už 2019-12-01–2019-12-31 laikotarpį, naikintina ir šioje dalyje Pareiškėjos prašymas perduotinas centriniam mokesčių administratoriui nagrinėti iš naujo, Inspekcijos sprendimas dalyje, kuria atsisakyta grąžinti 516,94 Eur permoką (skirtumą) už 2019-10-01–2019-11-30 laikotarpį, tvirtintina.

Ginčas tarp šalių vyksta dėl Inspekcijos atsisakymo grąžinti Pareiškėjai 753,94 Eur permoką (skirtumą), kuri susidarė už 2019-10-01–2019-12-31 mokestinį laikotarpį, nes, pasak Inspekcijos, yra suėjęs MAĮ 87 straipsnio 13 dalyje nustatytas mokesčio permokos (skirtumo) grąžinimo (įskaitymo) senaties terminas.

Pareiškėjos teigimu, nemokumo administratorius 2023-12-11 pateikė prašymą grąžinti mokestinę permoką nepraleisdamas įstatymo leidėjo MAĮ 87 straipsnio 13 dalyje, 68 straipsnio 1 dalyje nustatyto naikinamojo termino, galiojusio ginčo permokų atsiradimo metu, todėl Pareiškėja nėra praradusi teisės reikalauti grąžinti mokestinę permoką.

Dėl 516,94 Eur permokos (skirtumo) už 2019-10-01–2019-11-30 laikotarpį Iš ginčo bylos medžiagos matyti, kad Pareiškėjai negrąžintą 753,94 Eur sumą sudaro 290,94 Eur permoka (skirtumas) už 2019-10-01–2019-10-31 laikotarpį (susidariusi 2019-11-01); 226,00 Eur permoka (skirtumas) už 2019-11-01–2019-11-30 laikotarpį (susidariusi 2019-12-01) ir 237,00 Eur permoka (skirtumas) už 2019-12-01–2019-12-31 laikotarpį (susidariusi 2020-01-01). Pareiškėja nurodo, kad 2019-11-01 (grąžintina permoka 290,94 Eur) ir 2019-12-01 (grąžintina permoka 226,00 Eur) susidariusių permokų grąžinimo terminas turi būti skaičiuojamas remiantis permokų atsiradimo metu galiojusia MAĮ 87 straipsnio 13 dalies redakcija, t. y. mokesčio permoka gali būti grąžinta (įskaityta), jeigu ji susidarė ne anksčiau kaip per einamuosius ir penkerius praėjusius kalendorinius metus, skaičiuojamus atgal nuo tų metų, kuriais pradedama mokestį apskaičiuoti arba perskaičiuoti, sausio 1 dienos. Tokiu būdu minėtų permokų grąžinimo senaties terminas, skaičiuojant atgal nuo Pareiškėjos nemokumo administratorės pateikto prašymo grąžinti mokesčio permoką (2023-12-11), nėra praleistas ir mokesčių administratorius turi grąžinti minėtas permokas Pareiškėjai.

Nuo 2019-01-01 įsigaliojusi MAĮ 87 straipsnio 13 dalies nuostata (2018-06-28 įstatymo Nr. XIII-1329 ir 2019-07-16 įstatymo Nr. XIII-2352 redakcijos), be kita ko, įtvirtino, kad „<...> mokesčio permoka gali būti grąžinta (įskaityta), jeigu ji susidarė ne anksčiau kaip per atitinkamą šio įstatymo 68 straipsnyje nurodytą mokesčių apskaičiavimo ar perskaičiavimo terminą, – skaičiuojama atgal nuo įskaitymo dienos, kai įskaitymas atliekamas mokesčių administratoriaus iniciatyva be atskiro mokesčių mokėtojo prašymo, o kai yra mokesčių mokėtojo prašymas, – skaičiuojama atgal nuo šio prašymo pateikimo dienos <...>“.

MAĮ 68 straipsnis, nustatantis mokesčio apskaičiavimo ir perskaičiavimo senaties terminą, keitėsi:

- iki 2019-12-31 galiojusi MAĮ 68 straipsnio 1 dalis (2015-06-25 įstatymo Nr. XII-1897 redakcija) įtvirtino, kad „jeigu kitaip nenustatyta šiame straipsnyje ar atitinkamo mokesčio įstatyme, mokesčių mokėtojas ar mokesčių administratorius mokestį apskaičiuoti arba perskaičiuoti gali ne daugiau kaip už einamuosius ir penkerius praėjusius kalendorinius metus, skaičiuojamus atgal nuo tų metų, kuriais pradedama mokestį apskaičiuoti arba perskaičiuoti, sausio 1 dienos“; - Nuo 2020-01-01 įsigaliojusio MAĮ 68 straipsnio 1 dalis (2018-06-28 įstatymo Nr. XIII-1329 redakcija) sutrumpino bendrą mokesčių apskaičiavimo ir perskaičiavimo senaties terminą iki einamųjų ir trejų praėjusių kalendorinių metų, taip pat straipsnio 4 ir 6 dalyse nustatė naujus (papildomus) atvejus, kai taikomas ilgesnis senaties terminas.

Paminėtina, kad MAĮ 68 straipsnio 1 dalies nuostatos, numatančios einamųjų ir 3 praėjusių kalendorinių metų laikotarpį, už kurį gali būti apskaičiuotas (perskaičiuotas) mokestis, atitinkamai ir pakeistos MAĮ 87 straipsnio 13 dalies nuostatos, reglamentuojančios grąžintinos mokesčio permokos (skirtumo) susidarymo laikotarpį, buvo nustatytos Lietuvos Respublikos 2018-06-28 Mokesčių administravimo įstatymo Nr. IX-2112 2, 38, 68, 87, 100, 132, 139, 140 straipsnių pakeitimo ir įstatymo papildymo 401 straipsniu įstatymu Nr. XIII-1329 (tam tikri MAĮ 87 straipsnio 13 dalies pakeitimai buvo nustatyti ir 2019-07-16 įstatymu Nr. XIII-2352). Minėtojo įstatymo 10 straipsnyje nustatyta, jog įstatymo 4 straipsnis (numatantis MAĮ 68 straipsnio nuostatų pakeitimus) įsigaliojo nuo 2020-01-01. Taip pat įstatymo 10 straipsnio 6 dalyje nustatyta, kad šio įstatymo 4 straipsnyje išdėstyto MAĮ 68 straipsnio nuostatos netaikomos tais atvejais, kai mokesčių mokėtojų mokestinės prievolės iki šio įstatymo 4 straipsnio įsigaliojimo jau buvo apskaičiuotos ir (ar) perskaičiuotos pagal iki šio įstatymo 4 straipsnio įsigaliojimo galiojusius mokesčių apskaičiavimo ir perskaičiavimo senaties terminus. Jeigu šio įstatymo 4 straipsnio įsigaliojimo metu mokesčių apskaičiavimo ir (ar) perskaičiavimo procedūros buvo pradėtos, tačiau nebaigtos, joms yra taikomi iki šio įstatymo 4 straipsnio įsigaliojimo galioję mokesčių apskaičiavimo ir perskaičiavimo terminai. Iki šio įstatymo 4 straipsnio įsigaliojimo pasibaigę senaties terminai neatnaujinami, jei tai nebuvo numatyta pagal iki šio įstatymo 4 straipsnio įsigaliojimo galiojusio MAĮ nuostatas.

Įvertinus aptartas nuostatas, darytina išvada, jog Pareiškėjos atžvilgiu nėra pagrindo taikyti iki 2019-12-31 galiojusių MAĮ 68 straipsnio nuostatų, nes jos taikytinos tik iki naujojo įstatymo įsigaliojimo prasidėjusioms mokesčių apskaičiavimo (perskaičiavimo) procedūroms, o ginčo atveju mokesčio permokos (skirtumo) grąžinimo procedūra prasidėjo 2023-12-11 Pareiškėjos nemokumo administratorei pateikus nustatytos formos prašymą grąžinti mokesčio permoką (skirtumą). Šiomis aplinkybėmis konstatuotina, kad, nagrinėjamu atveju mokesčių administratorius, spręsdamas dėl Pareiškėjos prašymo grąžinti (įskaityti) ginčo permoką (skirtumą), pagrįstai taikė MAĮ 87 straipsnio 13 dalį (2019-07-16 įstatymo Nr. XIII-2352 redakcija), skaitomą kartu su nuo 2020-01-01 įsigaliojusia MAĮ 68 straipsnio 1 dalimi (2018-06-28 įstatymo Nr. XIII-1329 redakcija), pagal kurią skirtumas (permoka) galėjo būti grąžintas už einamuosius ir trejus praėjusius kalendorinius metus, skaičiuojamus nuo prašymo pateikimo dienos. Tokios pozicijos laikosi ir Lietuvos vyriausiais administracinis teismas (toliau – LVAT), pavyzdžiui, 2023-03-29 išplėstinės teisėjų kolegijos nutartis adm. byloje Nr. eA-1144-789/2023, 2023-04-19 nutartis adm. byloje Nr. eA-272-815/2023, 2023-04-19 nutartis adm. byloje Nr. eA-206-815/2023, 2023-10-30 nutartis adm. byloje Nr. eA-1680-968/2023.

Dėl Pareiškėjos skunde nurodomų aplinkybių, susijusių su anksčiau paskirtų Pareiškėjos nemokumo administratorių pareigų neatlikimu, pažymėtina, kad ūkio subjekto bankroto procedūra yra specifinė procedūra, tačiau ji nesudaro pagrindo tokį statusą turinčiam ūkio subjektui, siekiančiam susigrąžinti deklaruotą mokesčio permoką (skirtumą), taikyti kitokias permokos (skirtumo) grąžinimo taisykles, nei kitiems mokesčių mokėtojams, priešingu atveju, būtų pažeistas mokesčių mokėtojų lygybės principas (MAĮ 7 straipsnis). Kitaip vertinant įmonės nemokumo administratoriaus pareigas, susidarytų situacija, kai netinkamai mokestines pareigas vykdžiusių mokesčių mokėtojų padėtis taptų geresnė už mokesčių mokėtojų, vykdančių savo pareigas pagal teisės aktus ir tinkamai bei laiku teikiančių visus finansinės atskaitomybės dokumentus ir deklaracijas.

Dėl 237,00 Eur permokos (skirtumo) už 2019-12-01–2019-12-31 laikotarpį

Dėl 2020-01-01 susidariusios 237,00 Eur permokos už 2019-12-01–2019-12-31 laikotarpį skunde nurodyta, kad nemokumo administratorė 2023-12-11 pateikė prašymą grąžinti permoką, kai nuo 2020-01-01 įsigaliojęs MAĮ 68 straipsnio 1 dalyje nustatytas senaties terminas nebuvo pasibaigęs – skaičiuojant atgal nuo prašymo grąžinti permoką pateikimo dienos, einamieji metai baigiasi 2023-01-01, nuo šios datos atskaičius trejus metus, nustatytina grąžintinos permokos atsiradimo data 2020-01-01, t. y. 237,00 Eur permokos susidarymo data.

Inspekcijos atstovas Komisijos posėdžio metu nurodė, kad visa negrąžinta 753,94 Eur permoka (skirtumas) yra susidariusi 2019 metais, tačiau byloje pateiktame 2022-11-15 pranešime apie artėjantį permokų senaties terminą Nr. RMA 15542 nurodyta, jog 237,00 Eur permokos (skirtumo) už 2019-12-01–2019-12-31 laikotarpį susidarymo data – 2020-01-01.

Mokesčių permokos susidarymo data yra reglamentuota ir aiškiai apibrėžta Mokesčių mokėtojo sumokėtų sumų įskaitymo ir mokėjimo prievolių dydžių skirtumo pagal patikslintus mokėjimo prievolių dokumentus tvarkymo taisyklėse, patvirtintose Inspekcijos viršininko 2004-12-20 įsakymu Nr. VA-193 (toliau – Taisyklės). Taisyklių 3.13.3 papunktyje nurodyta, kad jei apskaičiuotas mokestis faktiškai buvo sumokėtas iki mokestinio laikotarpio pabaigos, kai per mokestinį laikotarpį buvo mokamos nustatytos avansinės įmokos, – tai mokesčio permokos susidarymo data yra pirmoji diena po mokestinio laikotarpio pabaigos. Taisyklių 3.14 papunktyje nurodyta, kad mokesčio skirtumo susidarymo data – tai pirmoji diena po mokestinio laikotarpio, kai susidaro mokesčio skirtumas (pvz., pridėtinės vertės mokestis).

Komisija pažymi, kad įstatyminiu lygiu nei MAĮ, nei Lietuvos Respublikos pridėtinės vertės mokesčio įstatyme nėra reglamentuota PVM permokos (skirtumo) susidarymo data. Mokestinės permokos (skirtumo) susidarymo momentas reglamentuotas poįstatyminio teisės akto nuostatose, o būtent Taisyklių 3.13 ir 3.14 papunkčiuose.

Rezoliucinė dalis

Atsižvelgdama į aptartas nuostatas, Komisija konstatuoja, jog permokos susidarymo data laikytina 2020-01-01, Inspekcijos padaryta išvada dėl ginčo permokos (skirtumo) susidarymo 2019 metais yra nepagrįsta. Konstatavus permokos susidarymo datą – 2020-01-01, nuosekliai seka išvada, kad Pareiškėja nepraleido MAĮ 68 straipsnio 1 dalyje nurodyto senaties termino. Komisija pažymi, kad LVAT yra konstatavęs, jog, tenkindamas pareiškėjo reikalavimą grąžinti mokestinę permoką, teismas faktiškai imtųsi vykdyti mokesčių administravimą, t. y. vykdyti vykdomosios valdžios funkcijas, kas nėra leidžiama pagal Lietuvos Respublikos Konstitucijoje įtvirtintą valdžių padalijimo principą (LVAT 2018-03-28 sprendimas adm. byloje Nr. A-687-575/2018). Atsižvelgdama į tai, kad mokesčių administravimo funkcijos Komisijai taip pat nėra priskirtos, taip pat į tai, kad Pareiškėja savo skundu prašo panaikinti dalį skundžiamo Inspekcijos Sprendimo ir įpareigoti Inspekciją tenkinti Pareiškėjos prašymą dėl 753,94 Eur permokos (skirtumo) grąžinimo, Komisija daro išvadą, jog Pareiškėjos skundas dalyje dėl 237,00 Eur permokos (skirtumo) grąžinimo perduotinas Inspekcijai nagrinėti iš naujo. Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės, vadovaudamasi Mokesčių administravimo įstatymo 155 straipsnio 4 dalies 1, 2 ir 5 punktais, n u s p r e n d ž i a :

1. Patvirtinti Valstybinės mokesčių inspekcijos prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos 2023-12-28 sprendimą grąžinti (įskaityti) permoką (skirtumą) ar nepagrįstai išieškotas sumas Nr. 331-1420944 dalyje, kuria atsisakyta grąžinti 516,94 Eur permoką (skirtumą) už 2019-10-01–2019-11-30 laikotarpį.

2. Panaikinti Valstybinės mokesčių inspekcijos prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos 2023-12-28 sprendimą grąžinti (įskaityti) permoką (skirtumą) ar nepagrįstai išieškotas sumas Nr. 331-1420944 dalyje, kuria atsisakyta grąžinti 237 Eur permoką (skirtumą) už 2019-12-01–2019-12-31 laikotarpį, ir šioje dalyje Pareiškėjos prašymą perduoti Valstybinei mokesčių inspekcijai prie Lietuvos Respublikos finansų ministerijos nagrinėti iš naujo. Pagal MAĮ 159 straipsnio 1, 3 ir 4 dalis mokesčių mokėtojas, nesutinkantis su Mokestinių ginčų komisijos prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės sprendimu, turi teisę šį sprendimą apskųsti

Regionų administraciniam teismui (Žygimantų g. 2, 01102 Vilnius). Pagal MAĮ 159 straipsnio 2 dalį apskųsti Mokestinių ginčų komisijos prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės sprendimą taip pat turi teisę centrinis mokesčių administratorius, tačiau tik tuo atveju, kai centrinis mokesčių administratorius ir Mokestinių ginčų komisija prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės, spręsdami mokestinį ginčą (arba mokestinio ginčo metu), skirtingai interpretavo įstatymų ar kito teisės akto nuostatas. Skundas Regionų administraciniam teismui turi būti paduodamas ne vėliau kaip per 20 dienų po Mokestinių ginčų komisijos prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės sprendimo įteikimo dienos.